Sim. É permitido que MEIs forneçam ou prestem serviços para uma ou mais empresas, bem como pessoas físicas, emitindo, nestes casos, as notas fiscais cabíveis.

Mas lembre-se: não é permitido substituir o vínculo empregatício, isto é, o emprego com carteira assinada, pela condição de MEI. O MEI prestador de serviço não pode ter características de relação trabalhista pessoalidade, subordinação e habitualidade) com seu cliente, tomador do serviço.

fonte: gov.br